これまで歴史的な展開を見てきたように、国家権力が特定の宗教と結びついて、互いに利用しようとしてきた時、国民の人権は迫害され、宗教は堕落し、国家もまた政治的な混乱や理想の実現が損なわれてきた。こうしたところから、近代国家において国家と宗教は分裂すべきであるという政教分離原則が信教の自由と対になって成立してきたのである。そこでは信教の問題は人間生活の内面的個人的世界であるから、世俗的権力である国家は関与することではない、という国家の非宗教性と宗教に対する中立性を意味すると考えられてきた。そこでこれは大きくは三つに分けられる。

（１）国の特権付与の禁止　２０条後段の意味するところは、国ばかりでなくあらゆる公的行政機関はこれに含まれる。もちろん国教は認められないし、特定の宗教団体への特別な特権付与は禁止される。８９条に関しては、宗教団体の免税措置は認められないが、学校法人や社会福祉法人と同じ公益法人であり非営利を目的とする宗教法人の免税は差し支えないと通説は認める。また宗教団体への補助金支出でも、その団体の行っている一般文化事業への支出は、他の団体への平等性からも、また宗教活動以外の活動への理解という面でも認められている。

（２）国の宗教活動の禁止　２０条３項のこの規定は、多くの問題を引き起こしてきた。宗教教育については別稿に譲るとして、まず公務員が国の機関としての地位で行う行為が問題になった例として、内閣総理大臣や国務大臣の伊勢神宮や靖国神社への参拝問題がある。私人として玉串料の自費参拝は問題ないとされるが、それ以外の場合の区別は難しく憲法違反とはいえなくても、主旨上は望ましくないと、伊藤正巳氏は判断する。判例も、違憲と合憲と違憲の疑いありの三つに分裂していて確定していないのが現状である。

（３）政治上の権力の行使の禁止　２０条１項後段のこの規定に関しては、現在新たな段階に入ったといえる。宗教団体は政教分離原則から見て政治活動を禁止されているとするのが妥当であり排他的な世界観を追及しがちな宗教団体は民主的な政治原理に適合しにくいことなどから、本条文は宗教団体の政治活動を禁止する主旨と解する少数説はあるものの、通説は、望ましくはないものの結社にも政治活動の自由があることから、憲法は宗教団体の政治活動を禁止していないとする。しかし、現世的な宗教的理想実現を教義の中心に据えた教団の出現とその巨大化する当然の帰結としての政界進出はこの憲法成立時には余り重要視されていなかったように見える。また、これまでの政治力学が崩れた現在の状況のなかで、立法権、司法権、行政権、課税権、警察権などのさまざまな公権力の分野に、宗教団体のフラクション（小細胞）が影響力を行使しないともいえない状況が出現する可能性も考えられる。そうした意味で、現代は法律が予想していなかったはっきりと見えにくい状況が出現しているともいえる。

（平成8年度　浄土宗布教・教化指針より）